Mikhael IX Palaiologos được phong làm đồng hoàng đế vào năm 1281 và đăng quang vào năm 1294 hoặc 1295. Vào năm 1300, ông được cử làm người chỉ huy nhóm lính đánh thuê Alania chống lại người Thổ ở Tiểu Á, từ năm 1304 đến 1305 ông được giao nhiệm vụ quan hệ với Trung đội Catalan nổi loạn. Sau khi giết viên chỉ huy của Catalan Roger de Flor, Mikhael IX dẫn đại quân Đông La Mã (được tăng cường thêm người Thổ và 5–8,000 người Alania) thảo phạt quân Catalan nhưng đại bại trong trận Apros. Mikhael IX Palaiologos cuối cùng vẫn không thành công trong cuộc chiến chống lại Theodore Svetoslav của Bulgaria vào năm 1307, đành phải cầu hòa vào năm 1307 và gả con gái của mình cho hoàng đế Bulgaria. Năm 1311, Mikhael IX bị Osman I đánh bại nên phải về hưu tại Thessaloniki, Hy Lạp cho đến khi mất vào năm 1320.